El tratamiento está contraindicado en algunas patologías, como epilepsia, herpes simple, fiebre, infecciones, diabetes mellitus, neoplasmas (tumor), así como en tratamientos con ácido retinóico o con productos que produzcan fotosensibilidad o en tratamiento de vía oral con fármacos fotosensibilizantes.

Tampoco se recomienda en caso de embarazo, lactancia ni sobre queloides (cicatriz). Su uso alrededor de los ojos puede hacerse siempre y cuando la protección ocular sea correcta.

Otra de las contraindicaciones estéticas bastante común es sobre zonas micropigmentadas o tatuajes, ya que, al tratarse de pigmentos instaurados en la piel, estos pigmentos se destruirán al ser expuestos a la radiación, pudiendo eliminar el tatuaje o el pigmento o, incluso, producir modificaciones en el color implantado en la piel.